科学是不断发展的，板块构造理论也并非无懈可击的，理论的提出只不过仅仅几十年的历史，尚存在许多不能解决的问题，主要有：

板块驱动机制问题

许多人主张板块的驱动机制可能是地幔对流，认为地幔中由于温度差或密度差的存在可引起物质的缓慢移动。热的、轻的地幔物质上升，冷的、重的地幔物质下沉’构成对流环。软流圈顶部的水平方向流动力拖曳刚性岩石圈随之一起运动。这一解释看起来十分精彩，但至今还没有找到直接证据来证明这种对流的存在。这是因为地幔具有分层性，且其下部粘度很高，对流是很难实现的。美国地球物理学家克诺波夫经过计算后指出，由于地幔粘滞性很大，形成稳定对流（使质点在对流中完成一次循环）所必须的时间至少10亿年，这个数字比板块扩张速度小得多。另外，从东太平洋到西太平洋海沟的距离达数千公里，在如此大的距离上，温度梯度不可能达到对流所需的值，地幔对流理论不能令人满意。

关于海沟沉积物变形问题

洋壳在海沟向地幔俯冲时，应该把洋底的沉积物挟带到俯冲带，部分沉积物可形成褶皱并堆积在海沟底部。但现今海沟处不仅沉积物很少，而且没有任何变形。

关于大洋中存在大陆地壳的问题

根据地球物理资料获知，在一些大洋底部中某些岛屿是海底大陆，如新几内亚东北部翁通爪畦，其莫霍面深达20～30km（大陆型地壳），被认为是一个未被沉没的大陆。这些事实是海底扩张说、板块构造说无法解释的。

关于海底磁异常条带问题

前苏联学者梅耶霍夫父子针对磁异常条带的分布和解释曾发表过富有刺激性和批评牲的评论。他们推定磁异常模式是虚假的。真实的情况是：磁异常形成一系列不规则的条带，这些条带由平行至准平行，有的甚至连准平行也不是。它们在许多地方与洋中_脊各分段相联系。大的异常一般是在洋脊的中部，但通常是不连续的。两侧的异常条带可能对称，但在较多情况下是不对称的；局部地方没有异常条带……；在少数地方，磁异常条带并不与洋中脊相联系，而是横切深海丘陵或浊流沉积平原；在许多地方磁异常条带直接深入大陆；等等。

诸如此类的还有转换断层的起因、洋底高原的成因、大陆板块内部强烈变形的解释及以中新生代地质事实为主要依据的板块构造理论能否适用于整个地球演化过程问题等等，都是板块构造理论难以解决或解释的问题。但是，可以预言，随着地球科学的不断发展，板块构造理论也将不断地得到修正和发展。90年代兴起的大陆动力学理论正试图努力解决板块构造在大陆地质研究中的合理应用和发展。